La grande majorité des hommes sont infectés par les Papillomavirus humains (HPV) au cours de leur vie. L’infection est habituellement asymptomatique, et disparait souvent spontanément.
Rarement, des verrues anogénitales peuvent se former. Le diagnostic médical est simple car l’aspect de ces verrues est typique, de la même couleur que la peau adjacente, souples au toucher et pouvant ressembler à de petites protubérances plates ou à des excroissances bourgeonnantes. Ces verrues ne sont pas des lésions précancéreuses, et un diagnostic biologique en laboratoire est inutile, tant l’aspect est évocateur.
Parfois, les Papillomavirus peuvent être associés au développement de cancers du pénis et de l'anus, en particulier chez les hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes.
Dans certains populations masculines à risque, le diagnostic du cancer du canal anal est recommandé en recherchant spécifiquement la présence d'HPV de type 16, suivi d'une recherche cytologique des lésions pré-cancéreuses en cas de résultat positif.