Que veut dire variant ?
Le Coronavirus Covid-19, comme tous les virus, se multiplie dans l’organisme hôte qu’il infecte. Cette multiplication s’accompagne de quelques « modifications » du génome, encore appelées mutations. La plupart des mutations sont silencieuses. Parfois, une mutation entraîne l’émergence d’une nouvelle souche du virus, légèrement différente, que l’on appelle un variant.
Il y a déjà eu plusieurs variants de la Covid-19, dont notamment le variant comportant la mutation D614G dans le gène Spike, mieux adapté à l’homme, et plus facilement transmissible dès février 2020 par rapport aux souches initiales de Wuhan.
Les variants de la Covid-19 dit « préoccupants » (« variants of concern » ou VOC, en anglais) font l’objet d’une surveillance spécifique par les laboratoires français, dont Cerballiance
- Un premier variant d’intérêt dénommé "B.1.1.7" apparu au Royaume-Uni en septembre 2020 mais dont la description a augmenté en fréquence jusqu’à atteindre aujourd’hui une proportion majoritaire des souches. Il n'est plus considéré comme variant précoccupant.
- Un autre variant, appelé "B.1.351" est apparu parallèlement en Afrique du Sud, où il est désormais majoritaire.
- Le 9 janvier 2021, le Japon a notifié à l’OMS un nouveau variant de la Covid-19 intitulé B.1.1.248 lignée P1, qui a été détecté chez quatre voyageurs arrivés de l’État brésilien de l’Amazonas.
- Un nouveau "double variant mutant" de la Covid-19 avec des mutations E484Q et L452R a été détecté fin mars 2021 en Inde dans des échantillons provenant de l'État du Maharashtra (B1.617.1).
- Le 23 novembre 2021, un nouveau variant portant de nombreuses mutations de la protéine S a été identifié en Afrique Australe (B.1.1.529). L’OMS lui a attribué ce jour le nom Omicron
Comment sont nommés tous ces variants ? Indien, anglais, alpha, gamma ?
Par facilité, on les a appelé par le nom du pays où ils avaient été identifiés la première fois (variant anglais, brésilien etc….) Cette dénomination est abandonnée par l’OMS et les variants portent désormais des lettres grecques :
- le variant "anglais" (B.1.1.7) est nommé Alpha
- le variant "sud-africain" (B.1.351) est nommé Beta
- le variant "brésilien" (B.1.1.248 lignée P1) est nommé Gamma
- le variant "indien" n°1 (B.1.617.2) est nommé Delta
- le variant "indien" n°2 (B.1.617.1) est nommé Kappa
- le variant "sud-africain" (B.1.1.529) est nommé Omicron
Quelle est la caractéristique des variants de la Covid-19 ?
Les variants préoccupants de la Covid-19 sont souvent plus contagieux que la souche initiale. Les mutations touchent principalement la protéine responsable de l’accrochage du virus aux voies respiratoires (protéine S, comme Spike ou Spicule).
Il existe aussi un risque d’échappement immunitaire, ce qui signifie que les anticorps produits après une infection ou une vaccination sont moins protecteurs contre ces souches de variants préoccupants.
Quelle conséquence pour l’épidémie de la Covid-19 ?
En raison de sa contagiosité accrue, les variants de la Covid-19 peuvent être responsables d’une augmentation rapide du nombre de nouveaux cas.
C’est pourquoi la durée de l’isolement a été allongée à 10 jours depuis le 18/02/2021 pour toutes les personnes contaminées (variants ou pas).
La maladie occasionnée par les variants de la Covid-19 est-elle plus grave ?
Les signes cliniques observés sont exactement les mêmes (fièvre, toux, perte du gout et de l’odorat, difficultés respiratoires, etc…).
Cependant, en raison d’une transmissibilité accrue, le nombre de cas hospitalisés et de décès pourrait également augmenter aussi.
Comment suspecter un Covid variant ?
Tout test PCR positif fait l’objet d’un test complémentaire en laboratoire d'analyses médicales, appelé « criblage » permettant de savoir si le patient est porteur d’un virus hébergeant des mutations d’intérêt épidémiologique. Si le criblage est indéterminé, il reste la possibilité d’effectuer le séquençage (cartographie) du génome complet du virus de la Covid, effectué au laboratoire spécialisé Cerba.
Quelles sont les mutations d’intérêt recherchées chez Cerballiance ?
Chaque souche de variant Covid préoccupant possède une ou plusieurs mutations, ci-dessous. Ce point vous aidera à comprendre vos comptes rendus de résultats de tests PCR.
La mutation E484K (associée aux variants Beta et Gamma) en lien possible avec un échappement immunitaire.
La mutation E484Q (associée au variant Kappa) également en lien possible avec un échappement immunitaire.
La mutation L452R (associée aux variants Delta, Kappa) qui paraît être en lien avec une augmentation de la transmissibilité et d’un échappement immunitaire.
Pour l’instant, seules les techniques de séquençage permettent de mettre en évidence le variant Omicron. Les techniques de dépistage par PCR ne permettent qu’une suspicion. > En savoir plus avec notre article "Cerba sélectionné par Santé Publique France et le Ministère de la Santé pour réaliser le séquençage du virus SARS-CoV-2 à des fins de surveillance épidémiologique."
Quelle conséquence pour la vaccination du Covid-19 ?
Les données actuelles montrent une efficacité largement conservée des vaccins de la Covid-19 contre les variants, en particulier pour la protection des formes graves et pour empêcher les hospitalisations. Les vaccins permettent aussi de limiter la propagation des variants dans la population, même les plus contagieux comme le variant Delta.
En d’autres termes, les vaccins contre la Covid-19 protègent individuellement contre les formes graves, mais ont aussi une action collective pour limiter la dynamique épidémique.
Quelle conséquence pour les tests de dépistage de la Covid-19 ?
Les tests PCR effectués dans les laboratoires d'analyses médicales Cerballiance ne sont pas affectés par les variants, qui sont détectés tout autant que le virus originel.
Comment savoir quel variant j’ai si mon test PCR est positif ?
Les mesures sanitaires (test Covid, isolement etc…) sont identiques quel que soit le variant du Coronavirus. En France, Delta & Omicron sont majoritaires. C’est pourquoi, depuis l’arrêté ministériel du 5 janvier 2022, la caractérisation d’un variant par criblage sur test PCR positif n’est plus systématique.
Elle est réalisée par échantillonnage sur 25% des tests positifs suivant des critères biomédicaux et épidémiologiques.
En conclusion
Les variants entraînent une plus grande transmissibilité de la Covid-19, mais les tests effectués chez Cerballiance détectent toutes les formes de la Covid-19. Par ailleurs, grâce au laboratoire spécialisé Cerba, nous sommes en mesure d’identifier, si nécessaire, la présence ou non de la forme variante dans un prélèvement grâce à la maîtrise des techniques complexes de séquençage du génome complet du virus.
> Consultez notre FAQ Covid
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Cerballiance, réseau de près de 600 laboratoires d'analyses médicales présents dans toute la France, vous accompagne dans votre parcours de soins et vos besoins de dépistage de la Covid-19.
